Taman Nasional Teluk Cenderawasih merupakan taman nasional laaut terluas di Indonesia dengan luas 1.453.500 ha, terdiri dari luas daratan pesisir pantai (pulau induk) sebesar 12.400 ha (0,9 %) dan luas daratan pulau sebesar 55.800 ha, sedangkan luas lautan/perairan sebesar 1.305.000 ha (89,9 %) dengan luas terumbu karang 80.000 ha (5,5 %).
Untuk menjaga kelestarian ekosistemnya TNTC dikelola dengan sistem zonasi. Sebuah sistem yang membagi wilayah taman nasional ke dalam zona-zona dengan fungsi dan peruntukan yang berbeda, agar konservasi tetap berjalan berdampingan dengan pemanfaatan berkelanjutan oleh masyarakat.
Berikut ini zonasi di Taman Nasional Teluk Cenderawasih:
- Zona Inti dengan luas 3.615 ha.
- Zona ini sangat dilindungi.
- Tidak diperbolehkan adanya aktivitas manusia.
- Berfungsi untuk konservasi murni dan penelitian terbatas.
2. Zona Perlindungan Bahari dengan luas 110.116 ha.
- Perlindungan keanekaragaman hayati laut.
- Sumber daya genetic dan plasma nutfah.
- Menyediakan ruang untuk penelitian ilimiah dan Pendidikan lingkungan dan wisata alam.
3. Zona Rimba dengan luas 22.693 ha.
- Diperuntukkan untuk kegiatan penelitian, pendidikan, dan monitoring serta wisata alam terbatas.
- Kawasan perlindungan dengan akses sangat terbatas.
4. Zona Pemanfaatan dengan luas 1.091.426 ha.
- Diperuntukkan untuk pariwisata bahari (snorkeling, diving), penangkapan ikan secara tradisional, pengamatan satwa seperti hiu paus.
5. Zona Tradisional dengan luas 216.016 ha.
- Diperuntukkan memanfaatkan potensi smber daya alam bagi masyarakat secara tradisional.
- Kegiatan yang dilakukan harus selaras dengan prinsip konservasi dan kearifan lokal.
6. Zona Rehabilitasi dengan luas 100 ha.
- Wilayah yang sedang dipulihkan dari kerusakan ekosistem.
- Pelepasan dan reintroduksi satwa liar.
7. Zona Religi, Budaya, dan Sejarah dengan luas 261 ha.
- Melindungi dan menjaga situs religi, budaya lokal, dan warisan sejarah serta mendukung kehidupan masyarakat yang terkait dengan nilai-nilai tersebut.
8. Zona Khusus dengan luas 9.273 ha.
- Menyediakan ruang untuk kegiatan tertentu yang strategis.
- Mengakomodasi kebutuhan masyarakat atau pemerintah yang sudah ada sebelum taman nasional ditetapkan.
- Menjaga keseimbangan antara kepentingan konservasi dan kepentingan khusus yang tidak bisa dihindari.
Mari jaga warisan laut Teluk Cenderawasih. Dengan sistem zonasi, konservasi bisa berjalan beriringan dengan kesejahteraan masyarakat adat.

