Kawasan Taman Nasional Teluk Cenderawasih terletak di tepi Samudra Pasifik dan merupakan daerah pertemuan antara lempeng Benua Australia dan lempeng Samudra Pasifik yang secara geografis terletak pada koordinat 134° 06′ – 135° 10′ BT dan 01° 43′ – 03° 22′ LS. Berdasarkan administrasi pemerintahan, berada dalam wilayah Kabupaten Teluk Wondama Provinsi Papua Barat dan Kabupaten Nabire Provinsi Papua. Kabupaten Teluk Wondama meliputi 13 Distrik yaitu Distrik Wasior, Distrik Wondiboi, Distrik Rasiei, Distrik Naikere, Distrik Pesisir Kuri, Distrik Teluk Duairi, Distrik Roon, Distrik Rumberpon, Distrik Soug Wepu, Distrik Windesi, Distrik Wamesa, Distrik Dataran Wamesa, dan Distrik Roswar. Sedangkan Kabupaten Nabire meliputi 2 Distrik yaitu Distrik Yaur dan Distrik Teluk Umar.
Kawasan Taman Nasional Teluk Cenderawasih pada awalnya ditetapkan sebagai kawasan Cagar Alam Laut melalui Surat Keputusan Menteri Kehutanan Nomor : 58/Kpts-II/1990 pada tanggal 3 Februari 1990 dengan luasan ±1.453.500 hektar. Kemudian, dinyatakan sebagai Taman Nasional melalui pernyataan Menteri Kehutanan pada Acara Pekan Konservasi Alam Nasional di Mataram, Nusa Tenggara Barat. Pernyataan ini tertuang dalam Surat Pernyataan Nomor 448/Kpts-II/1990 pada tanggal 6 Maret 1990. Selanjutnya, kawasan Teluk Cenderawasih ditunjuk sebagai Taman Nasional melalui Surat Keputusan Menteri Kehutanan Nomor : 472/Kpts-II/1993 pada tanggal 2 September 1993 dengan luasan 1.453.500 hektar, dan ditetapkan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kehutanan Nomor : 8009/Kpts-II/2002 tanggal 29 Agustus 2002.